ProModeは、基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めた データベースです。タンパク質分子が基準振動モードでゆらぐ様子を、無料のプラグインChimeを 使うことによって、アニメーションで観察するすることができます。Chimeのコマンドが使えますので、 分子の色を変えたり、表示方法を変えたりすることも可能です。 基準振動解析の結果から定義された動的なドメインと、それら相互の運動をらせん運動として解析した結果も Chimeで表示されています。 さらに、原子の位置のゆらぎ、二面角のゆらぎ、原子の位置のゆらぎの相関などが、グラフやマップを使って 表示することができます。

参考文献: Hiroshi Wako, Masaki Kato and Shigeru Endo, ProMode: a database of normal mode analyses on protein molecules with a full-atom model. (2004) Bioinformatics, 20, 2035-2043.